平成１８年１２月に治療を受け、その際の支払いをクレジットカードで支払いました。 実際に引き落とされるのは平成１９年1月ですが、いつ帰属するのですか？

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平成18年の医療費控除の対象とします。
なぜなら、翌期のその引き落とされる時期をローン会社への返済と捉えるからです。